La historia de esta institución está jalonada por las distintas etapas que nos tocó vivir como sociedad civil. Su origen lo marcó un artículo-convocatoria publicado por Luis de Ysasi en el periódico «El Guadalete» el 12 de abril de 1896. En dicho artículo se hace un llamamiento a la ciudadanía jerezana, animándole elevar la cultura de la ciudad. Veinte personas constituían su base fundacional, de la que surgió una comisión redactora del primer reglamento. El 24 de enero de 1897, y contando con la colaboración del director del periódico El Guadalete, José Bueno, el Sr. Ysasi convocó una reunión a la cual denominó «Fraternidad Literaria».  Entre los convocados estaban unos cuantos hombres ilustres, profesionales de la cultura e intelectuales. Agustín Muñoz Gómez, archivero y bibliotecario municipal; Gumersindo Fernández de la Rosa, ingeniero agrónomo y director de la Escuela Práctica de Agricultura; Ildefonso Yánez, historiador y autor de la obra Jerez en lo pasado y en lo presente; José Barrón, abogado republicano y articulista de prensa; Manuel Bellido, escritor y director del Instituto de enseñanza media; Manuel González Hontoria, hermano del famoso alcalde, o el médico y escritor Juan Gallardo.

De inmediato se nombró una comisión organizadora, compuesta por José Barrón, Benigno Bujeda, José Luque, Juan Gallardo y Agustín Piñero. El primer local, sede social del ateneo, se estableció en la calle  Larga, nº 8.

Una de las primeras medidas adoptadas fue la de acudir a las autoridades municipales para solicitar la cesión del Palacio de Justicia, un local muy adecuado donde poder desarrollar el proyecto cultural ateneístico. El Ayuntamiento accedió a la petición.

Enseguida se difundió la iniciativa a través de una circular dirigida a toda la población. Se trataba de encontrar eco y conseguir adhesiones para el proyecto, al que se invitó a cualquiera que estuviera dispuesto a desarrollar una tarea que pusiera a Jerez en un puesto culturalmente relevante.

El primer reglamento del ateneo se planteaba como objetivos, la investigación, el cultivo de las ciencias, las artes y las letras. Para ello se crearon las secciones de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Ciencias Morales y Políticas, Ciencias Históricas, Literatura y Lengua, Bellas Artes, y Agricultura, Industria y Comercio. Se estableció una cuota anual para los socios y las normas de acceso a la entidad.

El Ateneo Científico, Literario y Artístico de Jerez de la Frontera inicia formalmente su existencia el día 21 de febrero de 1897, en el Palacio de Justicia. La primera sesión tuvo lugar cuatro días más tarde. Finalmente, el día 16 de mayo se celebró la solemne sesión inaugural con una velada literaria que reflejó el interés y el respaldo popular que había logrado la asociación. El espíritu humanista y abierto con que nace la entidad, queda patente en el siguiente texto, que forma parte del discurso pronunciado por D. Benigno Bujeda, magistral de la Iglesia Colegial.

«El ateneo no ha de tener espíritu estrecho o exclusivista sino amplio y abierto, donde quepan todas las opiniones razonables y honradas, y la luz que pueda irradiar como centro de cultura, no ha de servir únicamente para iluminar estos salones sino que ha de salir fuera y difundirse por toda la ciudad, para que todo Jerez, desde los más encumbrados hasta los que más necesitan puedan recibir sus beneficios».

Durante la etapa previa a la Asamblea Constituyente, se consiguió captar 267 adhesiones. El primer presidente fue el Conde de los Andes, y figuran en la Junta Directiva y en las distintas secciones personas de reconocido prestigio como: Carlos de Bertemati, Carlos Rivero, Francisco Ivison, Fermín Aranda, Juan Luis Durán, José Barrón, Manuel Coloma, Manuel Bellido, Amalio Saiz de Bustamante, Germán Álvarez Algeciras, Francisco Hernández Rubio, Rafael Estévez o Manuel A. de la Riva.

Entre los años 1901 a 1920 la asociación fue escenario de gran número de conferencias, concursos literarios y exposiciones de arte. Entre sus logros, podemos citar las Cátedras Populares, a través de las cuales se enseñaba música y canto, aritmética, lengua y literatura, teneduría de libros, aritmética mercantil, francés e inglés.  Así mismo, en ese periodo se fomentó la creación de escuelas en la ciudad y en el medio rural, bibliotecas públicas y misiones culturales.

Hay que señalar para esta etapa (década de los años 20) nombres como Ángel Antón, José Luis Durán, Juan J. del Junco, Tomás García Figueras y Manuel Chacón que se sucedieron en la presidencia, así como Amalio Saiz de Bustamante promotor del pantano de Guadalcacín y del ferrocarril de la sierra.